Die Ninja sind der Ganovin Miss Achtung und ihren Handlangern auf den Fersen, die Tiefensteine schmuggeln. Mit einem Wasserzyklon will Nya sie aufhalten. Doch sie muss feststellen, dass sie die Kontrolle über ihre Elementarkraft verloren hat.

Nya spürt, dass die Ursache für den Verlust ihrer Kräfte nicht bei ihr selbst liegt. Während im Kloster das Element Wasser weiter verrücktspielt, sind Zane und Pixal draußen auf dem Meer in einer gefahrvollen Mission unterwegs.

Ein Teil der Ninja begibt sich an Bord der des Wasserseglers, ein mit allen Raffinessen ausgestattetes Tiefseefahrzeug, das Pixal in ihrer Freizeit konstruiert hat. Die Freunde wollen herausfinden, was es mit dem mysteriösen Energiesignal auf sich hat.

Gefangen am tiefsten Punkt des Meeres auf dem gestrandeten Wassersegler, grübeln die Ninja, wie sie der Situation entkommen können.

Nya und Maya werden von Prinz Kalmaar im Unterwassertempel gefangen gehalten, wo sie nach dem geheimnisvollen Energiesignal suchen wollten. Kalmaar will ihnen entlocken, wie er an das zweite Sturm-Amulett gelangen kann, um so den Sturmgeist Wojira zu erwecken.

Jay und Lloyd eilen Nya und Maya zur Hilfe, denen Kalmaars Schergen gefährliche Haie hinterhergeschickt haben. Zurück an Bord des Wasserseglers müssen die Ninja allerdings feststellen, dass sich ihre hartnäckigen Verfolger nicht abschütteln lassen.

Dank ihrer Tauchgeräte haben die Ninja die Überflutung des Palasts überlebt, werden aber von den gefährlichen Haien verfolgt. In allerletzter Sekunde können sie sich retten. Wie sich herausstellt, dank der Hilfe von Benthomaar.

In einer Rückblende wird die tragische Geschichte von Benthomaar erzählt, dem neuen Freund der Ninja: Seine Erinnerung setzt erst ein, als er einst als Findelkind von König Trimaar gefunden wird.

Die Ninja sind auf dem Weg zurück zur Insel der Hüter. Sie wollen König Kalmaar zuvorkommen, der inzwischen vom Versteck des Sturm-Amuletts erfahren hat. Es gelingt ihnen noch rechtzeitig, die Inselbewohner und ihren Anführer vor der drohenden Gefahr zu warnen.

Meister Wu, Kai, Ray, Cole und Misako hat Nyas Warnung erreicht, dass König Kalmaar auf dem Weg zum Club der Entdecker ist.

Die ahnungslosen Zeitungsausträger Antonia und Nelson kommen durch Zufall in den Besitz des Sturm-Amuletts.

Auf dem Wassersegler erzählt Benthomaar Nya und den anderen Ninja die Geschichte von Nyad. Diese hatte vor langer Zeit Wojira besänftigt, indem sie sich mit dem Meer verbündet und der Schlange die beiden Amulette abgenommen hatte.

Vor der Küste Ninjagos passieren unheimliche Dinge. Das Meer ist ganz plötzlich aufgewühlt und bringt fast ein Fischerboot zum Kentern.

Kalmaar ist mit Wojira in Ninjago angekommen und schickt eine riesige Flutwelle mitten durch die Stadt. Alle Straßen und Häuser stehen unter Wasser. Viele Bewohner haben sich schon außerhalb von Ninjago in Sicherheit gebracht.

In Ninjago versucht Nya, König Kalmaar und Wojira zu besiegen. Doch die Ninja müssen schnell einsehen, dass sie gegen den mächtigen Bösewicht und die Riesenschlange nichts ausrichten können.

Die in ein übernatürliches Meereswesen verwandelte Nya liefert sich eine heftige Auseinandersetzung mit Kalmaar und Wojira. Die Ninja versuchen, ihrer Freundin dabei zu helfen, den Schurken und das Ungeheuer zu bezwingen.