Die Klasse 3-E der Kunigigaoka staunt nicht schlecht. Sie haben einen neuen Lehrer, der ein seltsames, alienartiges Wesen zu sein scheint und droht, die Erde zu zerstören! Doch die Regierung hat mit ihm einen Deal geschlossen…

Die Schüler der 3-E versuchen, das seltsame Wesen, dem sie den Namen „Koro-sensei“ gegeben haben, um die Ecke zu bringen, um die Belohnung einzustreichen. Doch natürlich ist das Ganze nicht so einfach wie gedacht…

Ein sehr schwieriger Schüler kehrt in die Klasse zurück – Karma Akabane, der Schrecken aller Lehrer. Er spielt Koro-sensei Streiche, die tödlich enden würden, wenn Koro-sensei ein normaler Mensch wäre. Ob er den Lehrer in die Enge drängen kann?

Die Regierung schleust die Killerin Irina Jelavić in die Klasse ein, um Koro-sensei doch noch zu erledigen. Ihren weiblichen Reizen scheint das gelbe Tentakelmonster auch sofort erlegen zu sein. Doch die Schüler haben auch noch ein Wörtchen mitzureden…

Die Schüler der 3-E sind die Loser der Schule und eigentlich so etwas wie Verbannte. Doch auf der Schulversammlung stehen sie mit ihren neuen Lehrern und mehr Selbstbewusstsein viel cooler da als früher. Das passt einigen Schülern und auch der Schulleitung gar nicht in den Kram…

Der Schuldirektor tritt auf den Plan und erinnert Koro-sensei daran, dass die Klasse 3-E als eine Abschreckung für die guten Schüler gelten soll. Das lässt Koro-sensei nicht auf sich sitzen und setzt seinen Schülern ein hohes Ziel für die Prüfungen…

Die Klasse macht einen Ausflug nach Kyoto und plant dort natürlich einen Anschlag auf Koro-sensei. Doch dann werden Kaede and Yukiko gekidnappt! Jetzt zeigt sich, was Koro-senseis Schüler alles gelernt haben!

Der Assassine Red Eye wird auf Koro-sensei angesetzt und versucht diesen zu erledigen. Die Schüler sind hingegen ganz auf Klatsch aus, wobei Koro-sensei sie belauscht. Das wird er aber bitter bereuen…

Eine neue Mitschülerin kommt in die Klasse: Eine künstliche Intelligenz, die Koro-sensei den Garaus machen soll. Die Schüler finden das aber nicht besonders hilfreich, weil die Maschine ständig den Unterricht mit ihren Angriffen stört…

Irina trifft auf ihren alten Lehrer Lovro Brovski, der ihr rät, ihren Auftrag aufzugeben. Koro-sensei schlägt ein Match vor, bei dem beide versuchen müssen, Karasuma mit einem Gummi-Messer zu „töten“.

Schon wieder ein neuer Mitschüler! Die Regierung bietet alles auf, und schickt den Jungen Itona Horibe in die Klasse. Dieser hat eine Gemeinsamkeit mit Koro-sensei…

Die Jungs der Klasse 3-E müssen in einem Baseball-Turnier gegen die Top-Spieler der Schule antreten! Koro-sensei setzt natürlich alles daran, dass seine Schützlinge gewinnen, doch das lässt der Schuldirektor nicht auf sich sitzen…

Karasuma wird durch einen neuen Lehrer ersetzt! Akira Takaoka soll die Schüler noch besser auf ihre Aufgabe vorbereiten. Hinter der freundlichen Fassade des neuen Lehrers verbirgt sich aber noch eine andere Seite…

Terasakas Freunde verstehen sich seiner Meinung nach zu gut mit ihrem tentakeligen Lehrer. Also schließt er sich mit Shiro und Itona zusammen, um Koro-sensei hereinzulegen. Doch als alle anderen Schüler auch in Gefahr geraten, ist Schluss mit lustig.

Die Abschlussprüfungen stehen bevor und Koro-sensei stellt eine verlockende Belohnung für jeden in Aussicht, der in seinem stärksten Fach die beste Platzierung der gesamten Schule erringt. Doch da hat die Top 5 der Klasse 3-A etwas dagegen…

Die Schüler treten an, um die Aufgaben der Prüfung zu bezwingen! Endlich zeigt sich, ob Koro-senseis Unterrichtsmethoden Früchte tragen.

Die Klasse 3-E bereitet sich auf die Reise nach Okinawa vor. Dort soll der bisher vielversprechendste Anschlag auf Koro-sensei stattfinden. Irinas alter Lehrer Lovro hat den ein oder anderen Tipp für die Schüler auf Lager.

Koro-sensei wird von den Schülern gezwungen, einen Film über seine peinlichen Angewohnheiten zu schauen, um ihn von der Vorbereitung des besten Anschlags der Klasse 3-E abzulenken. Doch dann kommt alles etwas anders als gedacht…

Einige Schüler wurden vergiftet, um Koro-sensei zu erpressen! Doch das lässt Klasse 3-E nicht auf sich sitzen und versucht, das Gebäude zu infiltrieren, in dem das Antidot aufbewahrt wird.

Karma tritt alleine gegen den gefährlichen Bodyguard Grip an, um seine Niederlage bei den Prüfungen auszugleichen. Um durch die Lounge zu kommen, wird Nagisa als Mädchen verkleidet und direkt von einem reichen Schnösel angeflirtet…

Die Schüler treffen auf ihren nächsten harten Gegner namens Gastro. Koro-sensei unterstützt seine Schüler, indem er codierte Anweisungen zum Besten gibt. Dann stellt sich heraus, wer der Drahtzieher hinter der Erpressung ist…

Der Showdown zwischen dem Drahtzieher hinter der Erpressung und dem furchtlosen Nagisa wird entschieden! Können die vergifteten Schüler gerettet werden?