Der Film handelt von Rin, einem jungen Mädchen welches an ihrem 16. Geburtstag erfährt, dass sie ein Mutant ist. Doch genau an jenem Tag werden ihre Eltern von einer faschistischen Staatsorganisation brutal hingerichtet. Nun ist Rin auf der Flucht, findet jedoch bald Hilfe von der Mutantin Rei. Diese lebt zusammen mit anderen Gleichgesinnten, welche eine Art Mutantengruppe bilden. Unter der Führung von Kisaragi wollen sie die Menschheit unterwerfen...