Kurz nach dem Dreißigjährigen Krieg folgt der 14-jährige Bettlerjunge Krabat (David Kross) der Stimme aus seinem Traum und fängt in einer geheimnisvollen Mühle im Koselbruch beim Meister (Christian Redl) als Lehrling an. Rasch merkt er, dass er und die anderen elf Gefährten nicht nur das Müllerhandwerk lernen, sondern auch in der schwarzen Magie ausgebildet werden. Sein Freund Tonda (Daniel Brühl) will ihn vor einem finsteren Schicksal warnen.