Nach der Geninprüfung werden die jungen Ninjaschüler in Dreierteams aufgeteilt und müssen neben den Kampftalenten auch Gruppenkompetenz erlernen. In diesen Teams werden sie die nächsten Jahre ihres Lebens lernen und Missionen erledigen. Naruto Uzumaki wird zusammen mit Sakura Haruno und Sasuke Uchiha in Team 7 gesteckt, ihr Lehrer ist Kakashi Hatake. Wie sich im späteren Verlauf der Serie herausstellen wird, ist dies eine schicksalhafte Konstellation, die sogar die ganze Welt in Gefahr bringen oder retten kann. Schon die unglückliche Dreiecksbeziehung zwischen den Jugendlichen ist ein Indikator für das verhängnisvolle Schicksal, denn Naruto liebt Sakura, die aber himmelt Sasuke an. Und dieser verschwendet keinen Gedanken an Liebe, sondern hat nichts anderes als Rache für seinen von seinem Bruder ausgerotteten Clan im Kopf. Dazu kommt ihr Lehrer Kakashi, der als ehemaliges ANBU-Mitglied (einer extrem disziplinierten, im Schatten agierenden Spezialeinheit) sehr streng und kühl ist. Seine Vergangenheit ist von Leid und Tod geprägt und er musste einige sehr schwere Entscheidungen treffen, die ihm noch immer zu schaffen machen. Als Lehrer hat er lange Zeit kein einziges Team bestehen lassen. Erst Team 7 konnte ihn überzeugen, was wohl auch an den vielen Parallelen zu seinem Team aus seiner Geninzeit liegt. Dieser Handlungsstrang ist vielleicht der beste der Serie, auch wenn nur ein Bruchteil davon in „Naruto“ vorkommt und man den Großteil erst in „Naruto: Shippuuden“ erfährt.