Es ist das Jahr 2034. Zwei Jahre nachdem Motoko Kusangi die Spezialeinheit "Sektion 9" verlassen hat, ist Togusa Leiter des Teams. Eine Reihe von Selbstmorden im Umfeld des ermordeten Ex-Diktators Ka Rum führt Sektion 9 auf die Spur eines mysteriösen Hackers, der sich als der "Puppenspieler" bezeichnet.