Die Genies Walter, Sylvester, Toby und Happy können weder Miete noch Strom für ihr Hauptquartier bezahlen – es fehlt ihnen an lukrativen Aufträgen. Da steht plötzlich Homeland-Security-Agent Cabe Gallo vor der Tür: Auf dem Flughafen in Los Angeles sind alle Kommunikationssysteme ausgefallen, zahlreiche Flugzeuge drohen über der Metropole abzustürzen. Gallo bittet Team Scorpion um Hilfe, doch Walter hat zunächst Zweifel. Dann lässt er sich auf eine waghalsige Aktion ein.

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Gouverneur Lanes Tochter Helen ist schwer krank – niemand weiß, was das Mädchen hat. Walter erkennt schnell, dass der Virus, mit dem sich Helen infiziert hat, genetisch auf sie zugeschnitten sein muss. Die Recherchen des Teams führen zum Pharmakonzern Vlaxco, der ein Medikament zur Heilung einer tödlichen Muskelkrankheit nicht freigegeben hat. Einer der Testpatienten scheint sich nun rächen zu wollen, denn Gouverneur Lane war einst bei dem Unternehmen angestellt.

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Bei einer militärischen Übung versagt Team Scorpion komplett und erhält erst einmal keine weiteren Aufträge mehr. Doch dann fliegt ein Gebäude in die Luft, in dem die Kabel für die Internetversorgung des gesamten Südwestens der USA untergebracht waren. Weitere gezielte Bombenanschläge deuten darauf hin, dass jemand aus irgendeinem Grund das Internet lahmlegen will. Die Recherchen führen die Genies bis in die Kreise der US-Ermittlungsbehörden.

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Sehr zum Missfallen von Gallo nimmt das Team den Privatauftrag eines Casinos in Las Vegas an. In der Spielhalle wird weit mehr Geld gewonnen, als die Statistik erlaubt. Walter löst das Problem schnell. Doch während das Team noch im Casino ist, findet ein Überfall statt – und Walter gerät ins Visier der Ermittler, da er zuvor die Überwachungstechnik manipuliert hat, um den überhöhten Gewinnen auf die Spur zu kommen. Nun gilt es, seine Unschuld zu beweisen.

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Ein veralteter Atomreaktor droht zu überhitzen und in die Luft zu fliegen. Der einzige, der Team Scorpion bei diesem Problem helfen kann, ist das ehemalige Mitglied Mark Collins. Der psychisch labile Mann hat über Jahre hinweg die Kommunikation rund um den Reaktor angezapft und kennt alle Details des Meilers. In einer waghalsigen Aktion versuchen die Genies, den GAU abzuwenden. Doch ausgerechnet Collins ist nicht ganz unschuldig an der drohenden Katastrophe.

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Team Scorpion hat einen neuen Auftrag: Die Genies sollen das Sicherheitssystem eines Museums checken, das ein sehr wertvolles Gemälde aus Deutschland ausstellt. Als Walter anmerkt, dass das Kunstwerk eine Fälschung ist, eskaliert die Situation. Da das Bild allerdings nicht von einem Menschen, sondern von einer Maschine kopiert wurde, ist die Neugier der Nerds geweckt und sie beginnen mit der Recherche. Das Ergebnis ist, dass sie bei einer Psychologin vorstellig werden müssen.

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Drei Schwerverbrechern ist es gelungen, aus einem High-Tech-Gefängnis zu entkommen. Team Scorpion soll herausfinden, wie die Kriminellen das bewerkstelligt haben. Schnell wird klar, dass einer von ihnen auch ein Genie sein muss – ohne Spezialwissen ist die Sicherheitstechnik nicht zu überwinden. Zunächst sieht es so aus, als ob der Nerd Percy von den anderen beiden Gangstern zur Flucht gezwungen wurde. Doch ganz offensichtlich verfolgt er einen millionenschweren Plan.

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Die Ermittlungen im Fall eines ermordeten Musikbloggers führen Team Scorpion zu Peyton Temple. Er schrieb ein Programm, mit dem Hits automatisch erzeugt werden können. Plötzlich tauchten im Radio Songs auf, die damit entstanden sein mussten. Offenbar hat der Hip Hop-Produzent Lucky the King dabei seine Finger mit im Spiel – doch tatsächlich weiß er von nichts. Der Musikmanager Owen Sugar hingegen scheint tief in der Sache zu hängen.

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Cabes Ex-Frau Rebecca ist offenbar auf brisante Informationen gestoßen: Nachdem sie eine bestimmte Datei erhalten hat, hat jemand sie in ihrer Anwaltskanzlei angegriffen. Sie konnte die Datei, die sie auf einen USB-Stick gezogen hat, gerade noch verstecken. Gleichzeitig fliegt der Kongressabgeordnete Gostin mit seinem Boot in die Luft. Offenbar wollte ihn jemand ausschalten, um eine außerplanmäßige Wahl abhalten zu können – und Rebecca hat den Beweis dafür.

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In Bosnien ist ein US-Militärjet abgestürzt. Team Scorpion soll zusammen mit einer Gruppe Navy SEALs dort hinreisen, um die Leiche des Piloten zu bergen und Software aus dem Flugzeug zu sichern. An der Absturzstelle kommt sowohl den Soldaten als auch den Genies einiges komisch vor: Von einer Leiche keine Spur, und die vorhandene Software ist uralt. Irgendjemand muss also den Piloten entführt und die Technik an sich genommen haben.

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Eine Gangsterbande überfällt eine Firma, die Hochsicherheits-Safes herstellt, und tötet zwei Angestellte. Ihre Spuren verwischen die Kriminellen mit Säure-Sprengsätzen. Team Scorpion soll herausfinden, wer die Leute sind, was ihr nächstes Anschlagsziel ist und wie sie an ihre Sprengsätze kommen. Bei der Recherche am Tatort wird Sylvester durch einen Blindgänger schwer verletzt. Sein kritischer Zustand macht allen im Team zu schaffen, ganz besonders Walter.

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Walter verbringt den Weihnachtstag mit Megan am Strand, als plötzlich ein Felsrutsch die Idylle stört. Das Tragische: Die Steine haben den kleinen Owen Cooper in einer Höhle auf Meereshöhe eingeschlossen. Das Wasser steigt unaufhörlich, und Owen kann sich nicht selbst befreien – sein Fuß ist eingeklemmt. Team Scorpion startet eine dramatische, scheinbar aussichtslose Rettungsaktion.

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Ralph wird von der CIA in Gewahrsam genommen – er hat in einem Computerspiel, das im Darknet kursiert, ein verstecktes Level geknackt. Im echten Leben entspricht diesem Level ein Safehouse in Mexiko, in dem zwei CIA-Agenten und ein Kartellmitglied erschossen wurden. Die CIA hat Ralph nun im Verdacht, das Spiel mitentwickelt und so das Attentat im Safehouse möglich gemacht zu haben. Team Scorpion muss schnellstens den wahren Urheber des Spiels finden.

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Ein Mitarbeiter der CIA hat brisante Informationen über bestimmte Chemikalien nach außen gegeben: Man kann aus den Stoffen entweder ein Pestizid oder ein Nervengift herstellen. Wie sich herausstellt, hat der Analyst Leonard die Daten an die Frau, die er liebt, weitergeleitet. Sie behauptet, mit den Chemikalien armenischen Bauern helfen zu wollen. Doch in Wahrheit ist sie eine Spionin. Team Scorpion muss sie schnellstmöglich stoppen.

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Auf ein geheimes US-Nuklearwaffen-Silo in Island wird ein Hackerangriff verübt. Die Attacke hängt offensichtlich mit dem Diebstahl eines Notfallkoffers vor 16 Jahren zusammen. Der Secret-Service-Agent Bruce, der den Koffer schützen sollte, befindet sich seither in einer Klinik. Doch für Team Scorpion ist er der Schlüssel um zu verhindern, dass die Hacker die Nuklearsprengsätze fernzünden. Die Genies müssen Bruces Erinnerung an den Überfall auf die Sprünge helfen.

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Die Homeland Security ist einem Waffenhändler auf der Spur und fordert das Team Scorpion an. Der Plan: Gestohlene High-Tech-Raketen sollen mittels GPS geortet und so die Empfänger der Lieferung ausfindig gemacht werden. Sylvester, Toby, Gallo und Walter gelingt es schließlich an Bord des Schiffes zu gelangen, auf dem sich die Raketen befinden. Doch als Gallos Tarnung auffliegt, wird aus dem 20-Minuten-Job plötzlich eine längere Aktion.

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Ein Radiointerview von Walter sorgt für miese Stimmung in der Gruppe. Trotzdem ist ein Auftrag zu erledigen: Ein mexikanisches Drogenkartell hat die Tochter eines Technikmoguls entführt und fordert immer mehr Lösegeld. Doch um die Geisel zu befreien, muss das Kartell erst einmal aufgespürt werden. Ein Junge behauptet zu wissen, wo es ist und will das Team hinführen. Können sie ihm trauen oder tappen sie damit direkt in eine Falle?

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Die Regierungschefs von Weißrussland, Litauen und Lettland werden für ein geheimes Treffen in die USA geflogen, um einen drohenden Krieg zwischen den Ländern abzuwenden. Team Scorpion soll mithilfe einer Visualisierungs-Software dafür sorgen, dass es so aussieht, als wären die Staatsoberhäupter noch in ihren Ländern. Als bei dem Treffen jedoch etwas schief geht, und der litauische Präsident durch das Gift einer Schlange umkommt, ruft dies Team Scorpion erneut auf den Plan.

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Das Team Scorpion wird gerufen, um eine Gruppe verloren gegangener Wanderer zu retten. Doch dann passiert eine Katastrophe: Der Helikopter des Teams stürzt ab und geht in Flammen auf. Gott sei Dank können sich alle aus dem brennenden Wrack retten. Doch Sylvester muss dem verletzten Piloten helfen: Er kann nicht allein vor den sich rasend schnell ausbreitenden Flammen fliehen.

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Maya Hernandez, Kronzeugin im Prozess gegen das berüchtigte DL-Kartell, wird auf dem Weg zum Gericht um ein Haar erschossen. Team Scorpion erhält den Auftrag, die Frau in Sicherheit zu bringen. Mit einem ausgeklügelten Plan wollen die Genies die Gangster austricksen – doch die Kriminellen scheinen ihnen immer einen Schritt voraus zu sein. Eine gefährliche Flucht beginnt, auf der das Team und Maya nicht nur ein Mal um ihr Leben fürchten müssen.

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Hacker haben die Systeme eines Labors geknackt, in dem an toxischen Stoffen geforscht wird. Einen Teil der Belegschaft töteten sie bereits durch Seringas und sie drohen, noch mehr Leute umzubringen. Team Scorpion findet bald heraus, dass der Hackerangriff von einem der Angestellten durchgeführt worden sein muss. In Verdacht gerät der Neurobiologe Dr. Simon Boyd, der bei einem Bombenangriff in Bagdad seine Verlobte verlor. Das lässt bei Walter alle Alarmglocken schrillen.

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Das Team versucht seit Stunden, Walter zu erreichen – doch der reagiert einfach nicht. Schließlich hat Happy die Idee, sein Auto zu orten. Die Genies finden ihren Boss im Wrack seines Ferraris, das an einer Klippe baumelt und jeden Moment abzustürzen droht. Nun gilt es, schnell einen Plan zu entwickelt, um Walters Leben zu retten. Doch ohne Cabe und Paige ist Team Scorpion aufgeschmissen.

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